Dalam senarai kepujian Agong 1997, Tuanku Ja'afar, Yang di-Pertuan Agong Malaysia kesepuluh, yang memberi hiasan persekutuan dan perintah Panglima Jasa Negara (untuk perkhidmatan cemerlang) kepada Mazlan, menganugerahkan beliau gelaran "Datuk".[15]

Juga pada tahun 1997, Universiti Otago, menganugerahkan beliau Ijazah Kehormat Doktor Sains.[16]

Pada tahun 2009, untuk "hasil kerja beliau dalam membangunkan pendidikan astronomi di Malaysia dan peranan negara dan antarabangsa yang membawa beliau dalam bidang sains angkasa", Institut Fizik menganugerahkan Mazlan Presiden Pingat.[17]

Pada tahun 2013, Mazlan menerima "Polarstern-Preis" (Anugerah Polarstar) dari Austria Space Forum untuk penglibatan beliau untuk menambat hati untuk ruang atas dan di luar tugas.[18]